PDF может и хороший формат, но согласитесь - зачастую просматривать его оналйн менее удобно, чем просто веб-страницу. Когда мне потребовалось сделать автоматическую конвертацию имеющихся PDF файлов в HTML, первое что я нашел вот этот конвертер - pdfonline. Вполне неплохо работает и есть API для разных языков ( C#, VB, ASP, C+). Однако Java API там нет. Для Java, я нашел отличную библиотеку - PDF2HTML5. Она не бесплатная, но есть 30-дневный триальный период. Для того чтобы сконвертировать PDF файл в веб-страницы можно воспользоваться приведенным на сайте примером, а это буквально одна строка кода. Здесь первый аргумент является входным PDF файлом, второй - путь к директории, куда будет сохранен результат (HTML файлы помещаются в директорию, название которой совпадает с названием входного PDF файла без расширения):

public static void main (String args[]) {

  new ExtractPagesAsHTML(args);

}